一般認爲臭豆腐這種發酵的食物營養價值低，吃了還可能不利於健康。但近年來有些研究表明，臭豆腐中也含有對人體有益的營養物質。
日本的研究表明：臭豆腐中含有植物性乳酸菌，跟酸奶中的一樣，包括高濃度的單寧酸、植物鹼等，而植物性乳酸菌在腸道中的存活率比動物性乳酸菌高，而臭豆腐中的原料豆腐乾本來就是營養價值很高的豆製品，同時含有豐富的鈣質。經過發酵後，蛋白質分解爲各種氨基酸，又產生了酵母等物質，所以有增進食慾，促進消化的功效。
此外，一項科學研究表明，吃臭豆腐，對預防老年癡呆還有積極作用。因爲製成後的臭豆腐合成了大量維生素B12。每100克臭豆腐可含有10微克左右。缺乏維生素B12可以加速大腦老化進程，從而誘發老年癡呆。而除動物性食物，如肉、蛋、奶、魚、蝦含有較多維生素B12外，發酵後的豆製品也可產生大量維生素B12，尤其是臭豆腐含量更高。所以，臭豆腐對於老年癡呆症的預防還是有一定效果的。
不過，由於臭豆腐在發酵過程中極易被微生物污染，同時還含有大量揮發性鹽基氨及硫化氫，這些物質對人體有害，所以油炸臭豆腐多吃會拉肚子，特別是腸胃不好的人，不宜一次性吃太多。
