一般來說是不建議寶寶便祕使用藥物來治療的，因爲藥物即便是再安全，也會對寶寶的身體造成一些副作用，但是對於一些飲食調理或者是其他方式沒有作用的情況，只能使用藥物治療，那麼寶寶便祕吃什麼藥呢?
其原因很多，概括起來可以分爲兩大類，一類屬功能性便祕，這一類便祕經過調理可以痊癒；另一類爲先天性腸道畸形導致的便祕，這種便祕通過一般的調理是不能痊癒的，必須經外科手術矯治。絕大多數的嬰兒便祕都是功能性的。
藥物應在醫生指導下應用，尤其注意切忌濫用導瀉藥。常服這類藥會使寶寶腸壁活動依賴於藥物，導致功能失調，便祕反而更加嚴重。
家庭常備中成藥：偏於熱積便祕者，可服小兒七珍丹、小兒保赤丸、通便靈等；偏於體虛者，可備啓脾丸、靈菇合劑等。
除了應用藥物日常生活中要注意飲食：對於4—5個月以上的嬰兒，可適當增加輔食，最好將菠菜、捲心菜、青菜、薺菜等切碎，放入米粥內同煮，做成各種美味的菜粥給寶寶吃。蔬菜中所含的大量纖維素等食物殘渣，可以促進腸蠕動，達到通便的目的。嬰兒便祕經以上飲食調整效果仍不好，可給寶寶飲服蜂蜜水，也有潤腸通便的作用。
加強排便習慣的訓練也是防止嬰兒便祕的好辦法。嬰兒從3—4個月起就可以訓練定時排便，因進食後腸蠕動加快，常會出現便意，故一般宜選擇在進食後讓孩子排便，建立起大便的條件反射，就能起到事半功倍的效果。
