中秋月餅含有豐富的油脂和糖分，受熱、受潮非常容易發黴、變質。因此，一定要存放在低溫、陰涼、通風的地方。月餅要輕拿輕放，尤其是蘇式月餅，因皮酥鬆，最容易破碎。如果餅皮脫落，不僅影響外觀，而且影響口味、質量。鮮肉月餅的保質期是多少。
一般來說，糖和油越多的月餅越不易變質，像老式的白糖、豆沙、棗泥等種類的月餅，保質期可以達到兩個月以上，果仁餡月餅保存時間也比較長，而低糖和無糖的月餅比較容易變質。水分越多，就越容易滋生微生物，因此，口感越好的月餅保存期限越短，像鮮肉、蛋黃月餅之類的保質期只有兩星期左右。
一般來說，月餅皮軟、水分大、易變質。在25攝氏度的氣溫環境下，杏仁、百果等餡心月餅可存放15天左右；豆沙、蓮蓉、棗泥等餡心月餅，存放時間則不宜超過10天；如果氣溫超過30攝氏度，月餅存放時間應適當縮短，一般不宜超過7天；至於鮮肉、雞絲、火腿等月餅，應隨買隨吃。
按照月餅保質期規定，不允許超過45天，水果類口味的月餅保質期30天。而散裝鮮肉月餅不會放防腐添加劑，不會封裝，故保質期會大大縮短。根據環境溫度不同，散裝熟食保質期1-5天不等，所以，鮮肉月餅，最好是現賣現吃，不要放置太久才吃。肉類很容易變質。
