吃黃花菜需要注意的問題有幾個，首先是新鮮黃花菜中含有秋水仙鹼，可造成胃腸道中毒，故不能生食，須加工曬乾，吃之前先用開水燙一下，再用涼水浸泡2小時以上。
其次，由於黃花菜性涼，不宜多食，否則可能會造成稀便等胃腸道不適。
第三，黃花菜的花葉中含有皁苷、鞣質，會導致妊娠期婦女子宮收縮，因此孕婦應慎重食用。
