如果男性不育患者是由生殖道感染引起者，可進行抗炎治療，由內分泌異常所致者，則給予內分泌功能調整，對患者，應考慮手術治療。治療高畸形率精子症所致不育症應根據引起畸形精子的原因，消除不利因素(藥物、放射線、高溫、酒等)，針對病因進行治療。日常生活中養成良好的生活習慣，避免高溫等環境，戒菸戒酒，多吃一些對提高精子質量有好處的食物加以調節。那麼一般精子畸形率高的原因有哪些？
1、內分泌功能低下，即體內某些相關激素的分泌不平衡，從而造成畸形率增高。有實驗證明，一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影響到患者曲細精管內精子的生成過程，導致精子畸形率升高。
2、生殖泌尿感染，也是造成畸形精子症的重要原因之一。較常見的影響精子畸形的感染，如：前列腺炎、精囊炎、尿道炎等。
3、長時間吸菸，吸菸者可使畸形精子發生率顯着增高。每日抽菸超過30支者，其畸形精子發生率更高；吸菸時間越長，畸形精子也越多。值得注意的是，吸菸的危害並不僅止於使畸形精子增多，吸菸甚至可影響胎兒的產前死亡率和畸形率。
4、酗酒損傷精子，精子酗酒也是常見的造成精子畸形的原因之一。已有研究證實，酗酒產生的酒精中毒可能損傷精子，造成精子畸形率增高，同時還可造成性慾冷漠、陽痿、早泄等性功能的異常。酗酒引起的精子畸形，如意外授精，還會影響胎兒在子宮內的發育，有時還會生出畸形怪胎或低能兒。
