精子畸形率高可能是有兩種情況。如果形態異常的精子超過70％，特別是妻子有習慣性流產時，就應該考慮進行染色體核型檢查，男方很可能具有染色體異常，需要通過檢查排除這種可能性。如果異常精子少於70％，那麼，也許是精索靜脈曲張、職業或環境接觸毒物、放射線、微波、服用藥物、感染及應激等因素影響了睾丸生精過程。無論是哪種情況，都應該去檢查並且分析原因，排除可能性，及時治療。
而引起畸形精子症的原因主要是： 泌尿生殖道感染、腮腺炎併發的睾丸炎、附睾結核、精索靜脈曲張等； 使用激素或某些化學藥物，如抗癌藥、利血平、馬利蘭、呋喃類等，可使精子發育不成熟；生殖腺受到放射線照射，可引起精子的突變； 因爲穿着的褲子、內褲導致陰囊局部長期高熱，長期酗酒（特別是高濃度的烈性酒），均可使精子發生畸變。
