嬰兒便祕的原因之一:飲食不足
監護人飼養不當導致嬰兒飲食不足時，食物消化後液體吸收殘渣少，嬰兒大便減少，增稠。奶中糖量不足時腸蠕動弱，可使大便乾燥。飲食不足時間較久引起營養不良，腹肌和腸肌張力減低，甚至萎縮，收縮力減弱，形成惡性循環，加重了嬰兒便祕。
嬰兒便祕的原因之二：食物成分不當
食物成分與大便性質關係密切。如食物中含大量蛋白質，而碳水化物不足，腸道菌羣繼發改變，腸內容發酵過程少，大便易呈鹼性，乾燥；如食物中含較多的碳水化物，腸道發酵菌增多，發酵作用增加，產酸多，大便易呈酸性，次數多而軟；如食入脂肪和碳水化物都高，則大便潤利。如進食大量鈣化酪蛋白，糞便中含多量不能溶解的鈣皁，糞便增多，且易便祕。碳水化物中米粉、麪粉類食品比穀類食品容易便祕。兒童偏食，許多兒童喜歡肉類，不吃蔬菜，食物中纖維素過少，容易便祕。
嬰兒便祕的原因3:腸道功能異常
嬰兒沒有養成規律的生活習慣和沒有按時排便的訓練，沒有排便的條件反射也是便祕的常見原因。另外，學齡的孩子沒有早上大便的習慣，學習時間不能隨時排便，上課時停止大便也是便祕的常見原因。常用瀉劑或灌腸，缺少體力活動，或患慢性病如：營養不良、佝僂病、高鈣血癥、皮肌炎、呆小病及先天性肌無力等，都因腸壁肌肉乏力、功能失常而便祕。交感神經功能失常，腹肌軟弱或癱瘓也常使大便祕結。服用一些藥物可以減少腸蠕動和便祕，如抗膽鹼藥物、抗酸劑、抗痙攣藥物、利尿劑、鐵劑等。
嬰兒便祕的原因4:體格和生理異常
嬰兒患有肛裂、肛門狹窄、先天性巨結腸、脊柱裂、腫瘤壓迫馬尾等疾病。肛指檢查、下脊柱和會陰部檢查。有些患兒出生後即使祕密，也有家族史，可能與遺傳有關。
嬰兒便祕的原因5:精神因素
有些嬰兒突然受到精神刺激，或者環境和生活習慣的突然變化，都會引起嬰兒短時間便祕。
