羊肚菌的營養價值堪比肉類、乳製品和魚類，很多營養素甚至高於肉類幾倍甚至幾十倍之多，故可見羊肚菌的營養價值之高。
根據相關測定每100克羊肚菌營養素含量：可食部分34%，水分74.2克，蛋白質21.5克，脂肪2.5克，糖0.7克，熱量111千卡，鈣11毫克，磷190毫克，鐵1.5毫克，胡蘿蔔素0，硫胺素0.03毫克，核黃素0.09毫克，尼克酸8.0毫克，維生素C-，維生素A-，粗纖維0，灰分1.1克。
例如核黃素，核黃素能參與體內生物氧化反應與能量代謝，可提高肌體對蛋白質的利用率，促進生長髮育，維護皮膚和細胞膜的完整性。當缺乏時，就影響機體的生物氧化，使代謝發生障礙。其病變多表現爲如口角炎、脣炎、舌炎、眼結膜炎和陰囊炎等。成人每日只需食用3-4只羊肚菌便可補足所需。
此外，羊肚菌富含18種氨基酸，其中所含的8種氨基酸是人體不能製造的“必需氨基酸”。羊肚菌所含的硒是人體紅細胞谷胱甘肽過氧化酶的組成成分，可運輸氧分子來抑制惡性腫瘤，另方面能加強維生素E的抗氧化作用，使致癌物的方向改變，從而減少或消除致癌的危險。
