菌菇的營養價值豐富，在日本常吃菌菇而長壽的老人有很多。菌菇做爲一種真菌，食用可以補充很多其它食物所不能給予的營養價值。
菌菇類食物富含維生素b羣，特別是維生素b1、b2、菸鹼酸、葉酸，能促進代謝，消除疲勞，更能有效保證運動質量。維生素b2能分解脂質，維持肌膚與粘膜的減肥狀態，還能讓新陳代謝順利進行。不吃蛋、奶的素食者可以多從菇類中攝取維生素b2。而葉酸對於預備懷孕的女性和老年人特別重要，並且有助於降低罹患心血管疾病、癌症的風險。
菌菇富含食物膳食纖維，就像一小塊海綿一樣，可保持腸內水分平衡，還可吸收餘下的膽固醇、糖分，將其排出體外，不但能改善便祕問題，排出體內毒素和廢物，同時還能降低膽固醇，防止動脈硬化，對預防便祕、腸癌、動脈硬化、糖尿病等都十分有利。另外，像吃起來滑滑的木耳裏就含許多可溶性纖維，能幫助控制膽固醇。而且，纖維容易給你飽足感，讓你少吃點東西。
除此之外，菌菇類還含有比較多的鉀、磷、鈣、鎂，還有硒、鋅等微量礦物質。
