因爲咖啡含有咖啡鹼，進入體內會促進交感神經的興奮，從而消除睡意，改善血液循環，身體也會感到溫暖，不會感到疲勞，所以有提神的效果。但是，交感神經受到刺激和興奮，但對食慾有負面影響，也就是說，食慾會減少，所以餐前喝咖啡不想吃。另外，由於胃部受到刺激而胃液分泌增加，刺激空胃，對胃潰瘍等患者不利。這可以說是咖啡的負面作用。但是在餐後飲用，則因爲胃液分泌會增加，所以對消化有幫助。因此，餐後飲用絕對沒有問題。
另外，加入牛奶飲用可以緩解刺激作用，但是少量牛奶有多少中和咖啡因的作用，除非是一半牛奶的一半咖啡，否則可能會有效果。例如，早餐時喝的咖啡牛奶，牛奶比咖啡多，所以空胃喝還有緩和胃液的作用。最理想的是吃完飯再喝，那是有益無害的。
由於過敏系副交感神經激動引起氣喘或過敏性鼻炎，如果能促使交感神經激動，抑制副交感神經，有助於防止發作。尤其嚴重的過敏症患者，一些輕微的誘因即可引起身體不適，加上心理上對過敏的恐懼，往往一發不可收拾。
所以建議利用咖啡因的長處，在過敏症、氣喘即將要發作時（患者自己感覺得到）預先喝杯咖啡，頗有預防作用。這不僅是咖啡因的興奮效果，患者心理上也有喝咖啡的安全感，不發作。當然，所謂“過猶不及”，再好的東西，也要“適可而止”。
否則不管餐前餐後飲用，過量咖啡因都會發生心悸亢進（心臟跳得很厲害），甚至精神恍惚、走路重心不穩等副作用。小心!過量飲用咖啡因飲料容易患腎結石的原則上，咖啡最好一天喝兩到三杯。喝四五杯的話，大部分人都會感到不舒服，所以要小心。原則上，刺激性飲料最好每天不要超過三杯。
