新鮮自制的檸檬蜂蜜的保質期一般都不會太久，大概兩週到一個月左右不定，要看密封的情況以及保存的環境。製作檸檬蜂蜜要適量放檸檬，浸泡的玻璃罐子要密封好，這樣放入冰箱的冷藏室就能夠保存得久一些。
剛開始時由於檸檬片裏面含有水分，跟蜂蜜發生反應會產生大量的汽包，而且蜂蜜也會變黑，也沒有之前那麼稠了，這是正常現象，不影響食用。檸檬是酸的長期用塑料罐裝可能存在反應，最好是用玻璃罐裝。蜂蜜本身也有一定的保質期，一般18個月左右，不過是真正的蜂蜜儲存的時間可以長些。
沖泡好的檸檬蜂蜜則一般能夠冷藏保存3-5天，當然，保存太久其營養價值也會適當降低，所以，還是儘快飲用爲宜。製作檸檬蜂蜜也不要一次做太多，根據自己的飲用量來衡量，現做現喝纔是最好的做法。
