咖啡因一直被認爲是引起骨質疏鬆症的危險因子之一。曾有報告指出，咖啡因會增加尿液中的鈣質排出。不過從流行病學資料來看，發現20—50歲的年輕女性適量攝取咖啡因(大約每天攝取咖啡因400毫克以內)和骨質流失及骨折並無相關。
但是50歲以上、停經後的女性則需要更加小心飲用咖啡，半數以上研究顯示，咖啡因攝取量和50歲以上女性的骨質密度有關係。
女性一天喝多少杯咖啡才容易造成骨質疏鬆症?一個3170人蔘與，研究對象爲平均50—84歲女性的研究指出，如果每天飲用超過兩個單位的咖啡因飲料(一個單位等於一杯咖啡或兩杯濃茶)，臀部骨折的危險性增加69%。
因此建議50歲以上女性最好減少咖啡因攝取，若真想喝咖啡，一天不宜超過2杯。有人喝了咖啡覺得胃腸不舒服，主要是受咖啡因影響。這是因爲咖啡因刺激了食道下端的擴約肌，使它比較鬆弛，進而引起胃食道逆流，或者咖啡因引起大量胃酸分泌，造成不適。
因此，患消化疾病的人，例如胃潰瘍、十二指腸潰瘍，或是每次喝咖啡就大量冒出胃酸的人，還是避開咖啡吧。
