如果成道菌羣失調是因爲一些腸道疾病導致，這時就需要對其進行一系列治療。治療期間，患者要積極配合醫生。如果需要進行手術治療，患者也要積極配合。
1、如果患者需要進行手術治療，在手術前要補充營養，也可以注射丙種球蛋白來提高機體的免疫功能。手術前的一些準備對患者進行手術有很大的輔助作用。
2、如果菌羣失調是由於有結腸，膽囊炎而引起，維生素不足也會屎腸球菌減少或者消失。小腸如果蠕動過快就會引起酵母菌增加。這些原因都是會導致菌羣出現失調的情況，想要改變這種情況，可以先對病因進行治療。
3、如果菌羣失調是因爲飲食上而導致，就先要調整飲食。例如發酵性的腹瀉，就先需要控制身體對碳水化合物的攝入。如果是因爲一些藥物引起，就要先停止用抗菌藥物，先用適合腸道菌生成的藥物。也可以服用一些藥物，先將大部分的細菌消滅，然後再灌入正常的腸道菌羣。
