任何一種疾病的發生都是有一定的原因，如果可以瞭解到疾病發生的原因，還可以能夠及時的接受治療，那麼腸道菌羣失調的病因有哪些呢？
1、飲食因素
飲食可以顯着改變糞便菌羣。無纖維食物促進細菌易位。纖維維持腸粘膜細胞的正常代謝和細胞動力學。膳食纖維可以減少細菌易位，但不能恢復屏障功能至正常狀態。
2、細菌菌羣的變化
植物的組成可能因個體而異，但對於同一個人來說，植物的組成在很長一段時間內是相當穩定的。每個物種的生態狀況取決於宿主的生理狀態，細菌之間的相互作用以及環境影響。
3、藥物的代謝因素
腸道菌羣在許多藥物的代謝中起重要作用，任何抗生素都可能引起腸道菌羣的變化，這取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔中的濃度。
4、年齡因素
隨着年齡的增加，腸道菌羣的平衡可能發生改變，雙歧桿菌減少，並且產氣莢膜梭菌增加。前者可能削弱對免疫功能的刺激，後者可能導致毒素增加和抑制免疫。如果老年人年輕時能夠維持腸道菌羣平衡，老年人可能會提高免疫力。
5、胃腸道免疫功能障礙
胃腸道的正常免疫功能來自固有層的漿細胞，漿細胞可以產生大量的免疫球蛋白，分泌型IgA。它是胃腸道的主要物質，以防止細菌侵入。一旦胃腸粘膜合成單體或二聚體IgA或合成分泌片功能障礙，導致基因型IgA在胃腸道分泌不足時分泌，可引起腸道有氧和厭氧菌過多，從而引起菌羣失調，引起慢性腹瀉而無症狀。
