腸道菌羣正常時，幫助身體對食物進行消化，如果出現異常，就容易導致消化不良，腹瀉的情況，那麼就會導致身體機能有異常，營養流失，那麼出現菌羣失調的原因有哪些？
1、飲食會導致糞便菌叢出現一定改變，沒有纖維的食物可以導致細菌發生異位現象。纖維可以維持腸道粘膜的細胞正常代謝，所以食物纖維可以減少細菌出現異位的現象。
2、菌叢的組成會根據每個人的不同而出現不同情況，對每個人來說，正常的菌叢會給每個人的腸道健康帶來穩定的環境，所以每個菌種間的相互配合，相互作用是很重要，也是由環境因素所影響。
3、腸道的菌叢在許多藥物代謝中有很大作用。任何的抗生素都能夠導致菌羣叢發生改變。藥物在腸道中會引起菌羣失調，也導致一些耐藥菌大量繁殖，從而出現病症，引發腸道疾病。隨着年齡的變化，菌羣的平衡也發生變化。雙歧桿菌減少就會使期免疫機能有所降低。而產氣莢膜杆均增加導致毒素增加並且抑制住免疫細胞從而導致免疫系統降低。
