再障的預後因骨髓衰竭的程度、患者的年齡、治療是否及時以及所採用的治療方法等因素而各不相同。急性型再障，起病急驟，病情發展迅速，骨髓中造血細胞嚴重缺乏及伴有嚴重感染或出血，尤其是顱內出血。
除非骨髓移植成功，一般療效較差，病死率高，佔百分之91.6。多在起病後一年內死亡，嚴重者可在數月甚至數週內死亡。因貧血、感染及出血致死者，慢性再障佔百分之24.6。慢性型再障，由於採用適當的治療，病人的骨髓增生過低和全血細胞減少較輕，病情穩定，不再發展也不再進步，這類病人可生存多年，甚至20年以上。
兒童患者預後較好，用藥物治療的療效比成人要好。早治療比晚治療的療效要好。支持療法可改善病人的體質，防止出血和感染，對延長生命以待骨髓功能逐漸恢復具有重要的意義。致死的主要原因是嚴重感染和顱內出血。治療得當，極少數病人可完全恢復;尚有部分病人經過幾月或幾年，血和骨髓象有較明顯進步，但不能完全恢復正常。再生障礙性貧血的治療包括病因治療、支持療法和促進骨髓造血功能恢復的各種措施。
慢性型一般以雄激素爲主，輔以其他綜合治療，經過長期不懈的努力，才能取得滿意療效，不少病例血紅蛋白恢復正常，但血小板長期處於較低水平，臨牀無出血表現，可恢復輕工作。急性型預後差，上述治療常無效，診斷一旦確立宜及早選用骨髓移植或抗淋巴細胞球蛋白等治療。
