在治療期間觀察HBsAg和HBV DNA下降的情況可以預測干擾素的療效。根據以往文獻的報道，對於基因A型和D型的乙肝病毒感染者，若經過12周聚乙二醇干擾素治療未發生HBsAg定量的下降，建議停止治療。
對於基因B型和C型的乙肝病毒感染者，若經過12周聚乙二醇干擾素治療，HBsAg定量仍大於20000 IU/mL，建議停止治療。無論哪種基因型，若經過24周治療HBsAg定量仍大於20000 IU/mL，建議停止聚乙二醇干擾素治療。
對於HBeAg陰性慢性乙型肝炎患者，如果12周治療後HBsAg未下降且HBV DNA較基線下降<2 log10 IU/ml，應考慮停止聚乙二醇干擾素治療。法國醫生瓦利特•皮卡德(Vallet -Pichard)在2014年總結了以往文獻，提出了干擾素治療期間預測和早期停藥的原則：12周時HBV DNA及HBsAg下降是持續病毒應答的最佳早期預測指標。
對於e抗原陽性患者，干擾素治療12周，HBV DNA下降至20000 IU/ml以下，HBsAg水平< 1500 IU/ml，e抗原血清學轉換率較高;然而，HBsAg水平在20000 IU/ml以上或HBsAg水平未下降者，發生e抗原血清學轉換的可能性極低，應該考慮早期停藥。
對於e抗原陰性患者，干擾素治療12周時HBV DNA下降至20000 IU/ml以下，治療12周和24周時HBsAg下降>10%的患者在治療結束後持續病毒學應答率較高;而治療12周時HBV DNA下降< 2 log10 IU/ml和HBsAg無明顯下降者，治療結束後的病毒學應答率較低，應該考慮早期停藥。
我國專家根據國外學者的經驗，首次把干擾素治療期間的預測和療效欠佳患者早期停藥寫入2015年版《乙肝指南》，建議“：HBeAg陽性慢乙型肝炎患者治療24周HBsAg和HBV DNA的定量水平是治療應答的預測因素。接受聚乙二醇干擾素α治療，如果24周HBsAg<1500 IU/ml，繼續單藥治療至48周可獲得較高的HBeAg血清學轉換率。若經過24周治療HBsAg定量仍大於20000 IU/mL，建議停止聚乙二醇干擾素α治療，改用核苷(酸)類藥物治療。
HBeAg陰性慢乙肝患者治療過程中HBsAg的下降、HBV DNA水平是停藥後持續病毒學應答的預測因素。如果經過12周治療後HBsAg未下降且HBV DNA較基線下降<2 log10 IU/ml，應考慮停止聚乙二醇干擾素α治療。
普通干擾素或聚乙二醇干擾素療效有限，大約2/3的患者療效欠佳，而且有較多的不良反應。另外，聚乙二醇干擾素的價格也較貴。對於療效欠佳的患者，早期預測，可以指導患者及時改變治療方案，使病人更早獲得有效治療，減少不良反應的發生風險和醫療費用。
