地中海貧血需要鑑別以下疾病:
1、胎兒浮腫:rh或abo血型不合適，hbbarts電泳區也是主要鑑別依據。
2、缺鐵性貧血：此病亦爲小細胞低色素性貧血，但血清鐵降低，與地中海貧血不同。
3、其他hb病:hbe、hbc等也可以出現目標紅細胞。但此兩者均有電泳異常區帶可資鑑別。△β海洋性貧血、hbe-β海洋性貧血雙雜合子與純合子-β海洋性貧血的臨牀表現類似，但症狀較輕。遺傳性胎兒hb持續存在綜合徵的hbf也在上升，但患者沒有貧血。
4、先天性溶血性貧血:先天性球形紅細胞增多症和紅細胞酶缺陷等疾病，可以通過紅細胞胎性試驗和酶缺陷檢查來識別。
5、獲得性hbh病，併發於紅白血病、不典型慢性粒細胞性白血病、鐵粒幼細胞貧血、急性粒細胞性白血病、骨髓增生症、再生障礙性貧血、急性淋巴性白血病等，但其a/β肽鏈比值明顯低於遺傳性hbh病的0.3~0.62。
6、hbf和hba2增高：某些再生障礙性貧血、急性白血病，尤其幼年“慢性粒細胞性白血病’患者的hbh增高，hbzürich和tocoma等疾病，hba2亦可增高，應注意鑑別。
