流腦疫苗接種後雖能預防疾病，但這也並不說明它就沒有一些不良反應。
接種本疫苗後，反應輕微，一般無嚴重的局部反應和全身反應。個別兒童接種後，局部出現紅暈、輕微疼痛1—2天；全身反應有低熱，1%—4%的受種者可出現超過38.5℃的發熱；偶有過敏反應。大多數接種者在接種後10—24小時出現，一般1—2天自行恢復，必要時可對症治療。
