黃麴黴菌是綠色，也有一部分是黃綠色，這是肉眼可見的顏色。黃麴黴菌初期滋生時顏色爲白色，無法用肉眼觀察到。
黃麴黴菌能用肉眼看到的顏色通常爲綠色或者黃綠色。黃麴黴菌滋生時，菌落正面的色澤爲白色，隨着其不斷生長和繁殖，逐漸變成黃色，之後會變成黃綠色或綠色，呈半絨毛狀，孢子成熟之後的顏色是褐色。孢子的表面平坦，也有一部分會帶有放射狀的溝紋，孢子反面無色或者爲褐色。
黃麴黴菌很容易污染糧油食品，比如花生、大米、小麥、玉米、豆類、堅果類以及乳製品等，其中玉米以及花生受到的污染最爲嚴重，在高溫以及高溼的環境當中，黃麴黴菌會生成黃麴黴毒素，這種毒素屬於致癌物，容易引起黃麴黴毒素急性中毒，導致噁心、嘔吐、黃疸以及肝區疼痛等症狀，嚴重時會造成胃腸大出血，導致死亡。
