凡是手術，都會存在一定的風險。垂體瘤手術也不例外，手術主要風險之一是垂體功能損傷。
損傷在所難免，激素可以替代
類比於美國反恐戰爭中“外科手術”式的精確打擊，即便軍事實力強勁，仍不可避免會有士兵傷亡。同理，醫生在做垂體瘤手術時都會盡力做到“完美”，但有些情況是很難完全避免損失一些正常的垂體組織，尤其是手術難度大、切除包繞海綿竇和主要血管的腫瘤。即便是經驗豐富的垂體瘤手術專家，在切除垂體巨大腺瘤後，仍有約5-10%的患者出現術後垂體功能減低。
通常損傷一旦發生便無法修復，有些患者可能需要長期採用激素替代療法，包括甲狀腺激素、皮質激素、生長激素、雌激素或者睾酮等。
功能可以部分恢復，不需終生替代治療
術後，患者會有垂體“受傷”的反應。例如，損傷垂體後葉會造成尿崩症（發生率在1-2%之間），這是由於腎臟濾過的體液不能被重吸收，而大量排出體外的緣故。患者所產生的尿液如清水一般無色透明，還會出現尿頻和煩渴。這些症狀可以通過人工合成的抗利尿激素（即注射用醋酸去氨加壓素）進行替代治療，效果較好。
多數患者在手術創傷和炎症消退後，垂體功能可以部分恢復，不需長期藥物補充。另外，多數患者在垂體前葉組織大部分被切除後，剩餘的垂體前葉組織仍然能夠分泌足夠的激素供人體正常活動，因此手術損傷並不代表需要終生替代治療。
總之，隨着顯微手術技術的普及和提高，手術造成的垂體功能損傷的比例越來越少、程度越來越輕，多數患者術後垂體功能可逐漸恢復，不需要終身服藥。
