生殖器上長水泡，可能是生殖器皰疹、天皰瘡等疾病引起的，也可能是細菌感染化膿導致的，需針對病因合理用藥治療。
有不潔性生活，有可能感染單純皰疹病毒，誘發生殖器皰疹。生殖器上常有簇狀水泡，嚴重時會糜爛、潰瘍，並有疼痛、針刺感。可用鹽酸伐昔洛韋片、泛昔洛韋片、阿昔洛韋乳膏等藥物內服、外用對抗病毒，促使水泡儘快消退。
自身免疫能力低下，精神高度緊張，或受遺傳因素影響等，都可能在外生殖器處出現天皰瘡。因表皮細胞鬆解，會在患處出現水泡，伴隨灼痛、出血等表現。可用曲安奈德注射液、複方倍他米鬆注射液、甲潑尼龍片等激素類藥物抗炎，促使水皰消退，糜爛面儘快修復。
機體免疫力差，不注意個人衛生，導致大量細菌滋生，引發細菌感染性疾病時，如病情嚴重，局部化膿，可能出現水泡。需用頭孢克肟膠囊、左氧氟沙星片、阿莫西林膠囊等藥物抗菌消炎。具體用藥需遵醫囑，不可擅自用藥。
