單純皰疹病毒2型主要存在於女性宮頸、陰道、外陰皮膚及男性的陰莖、尿道等處，是引起生殖器發炎和皰疹主要原因，男女雙方都有可能感染，是引起生殖器發炎和皰疹的罪魁禍首。
生殖器皰疹HSV感染後平均約4～5日，外陰患部先有灼熱感，旋即發生成羣丘疹，可爲一簇或多簇，繼之形成水皰。數日後演變爲膿皰，破潰後形成糜爛或淺潰瘍，自覺疼痛，最後結痂自愈。
據有關統計資料顯示，生殖器皰疹的病原體90%爲Ⅱ型皰疹病毒，僅10%爲Ⅰ型皰疹病毒。經性器官接觸後，潛伏約2-20天，有免疫缺陷或免疫功能不全的人，如應用免疫抑制劑、腎移植、嚴重燒傷、重度營養不良、血液淋巴系統惡性腫瘤病人等感染後症狀加重，可出現皰疹性溼疹、複發性角膜潰瘍，甚至全身播散性皰疹而致命。
感染1-3周後體內產生中和抗體及補體結合抗體，殘存的病毒可能向周圍神經沿神經軸轉入三叉神經節或骶神經節，而長期潛伏，進入靜止狀態。
當某種誘發因素如焦慮、精神創傷、受涼、日曬、吹風、創傷、感染、藥物過敏、高熱、月經、妊娠等破壞身體生理平衡時，神經細胞中出現病毒增殖所需的特異性轉錄酶，激活病毒而引起復發，體液抗體並不能制止皰疹病毒復發，細胞免疫減弱對復發有重大影響。
