很多女性，特別是未婚女性，錯誤地認爲藥物流產就像正常月經來潮一樣，不會傷害身體，也不需要休息。事實上，藥物流產和負壓吸宮流產一樣，都是人爲干預懷孕的生理過程，在一定程度上會損害女性的健康。
一、感染
女性服用抗妊娠藥物後，宮腔內胚囊組織可當天排出，有時妊娠組織物排出不全，子宮膜復舊不良，陰道出血時間長，可持續2~3周，甚至1~2個月。長期慢性失血可導致貧血，降低身體抵抗力。此時，細菌往往由陰道逆行引起子宮內膜炎症。
二、不完全流產
某女性用藥後不完全流產，影響子宮收縮和子宮內膜創面修復，陰道流血量明顯增加，超過平時月經量的2~3倍，嚴重者出現大出血，貧血、休克
三、影響今後正常妊娠
未婚女性反覆妊娠、流產等，可引起子宮內膜反覆損傷。由於子宮內膜受損，一旦需要正常懷孕，容易發生前置胎盤，可能會引起產前大出血，也有女性因多次人工流產而習慣性流產。
四、月經失調
抗妊娠藥可抑制卵巢功能，影響卵泡生長髮育甚至排卵。個別女性藥物流產後，可發生月經失調，表現爲月經週期縮短或延長，月經量增加。
藥物流產只能在一定規模的醫療保健機構使用，妊娠藥必須在醫生的監護和指導下服用，不得擅自在家服用藥物。如果堵塞流血不止，必須立即去醫院檢查。
