1、營養不良初期，身高並無影響，但隨着病情加重，骨骼生長減慢，身高亦低於正常。輕度營養不良，精神狀態正常，但重度可有精神萎靡，反應差，體溫偏低，脈細無力，無食慾，腹瀉、便祕交替。合併血漿白蛋白明顯下降時，可有凹陷性浮腫、皮膚髮亮，嚴重時可破潰、感染形成慢性潰瘍。重度營養不良可有重要臟器功能損害，如心臟功能下降可有心音低鈍，血壓偏低，脈搏變緩，呼吸淺表等。
2、由於營養不良的患兒免疫功能低下，故易患各種感染，如反覆呼吸道感染、鵝口瘡、肺炎、結核病、中耳炎、尿路感染等；嬰兒腹瀉常遷延不愈加重營養不良，形成惡性循環。營養不良可併發自發性低血糖，患兒可突然表現爲面色灰白、神志不清、脈搏減慢、呼吸暫停、體溫不升但無抽搐，若不及時診治，可致死亡。
3、重度營養不良可有重要臟器功能損害，如心臟功能下降，可有心音低鈍，血壓偏低，脈搏變緩，呼吸淺表等。常見的併發症有營養性貧血，可有多種維生素缺乏，約有3/4的病兒伴有鋅缺乏，由於免疫功能低下，故易患各種感染病。同時，嬰幼兒時期是生長髮育速率最快的發育關鍵階段，缺乏蛋白質和能量對其生長的影響是致命的。嬰兒營養不良可導致免疫功能受損，增加疾病易感性和疾病死亡率。
