甲胎蛋白如果偏離正常值是一件值得關注的事情，如果甲胎蛋白偏高是出現了哪些問題呢？據瞭解，大約80%的肝癌患者血清中升高甲胎蛋白都會升高，因此正常的成人甲胎蛋白偏高可能是提示肝癌等疾病，甲胎蛋白會在肝癌出現症狀之前的8個月就已經升高，而此時，肝癌的症狀還是很不明顯的，腫瘤也比較小，因此如果及早發現甲胎蛋白偏高，對於肝癌患者來說是一個很重要的指標。
另外，肝損傷、充血性肝腫大、毛細血管擴張症、先天性酪氨酸病、睾丸或卵巢胚胎性腫瘤（如精原細胞瘤、惡性畸胎瘤、卵巢癌等）也常常會引起甲胎蛋白偏高，也是需要注意的。
孕婦和新生兒也會出現甲胎蛋白的一時性升高，甲胎蛋白是胎兒的正常血漿蛋白成分，也會進入母親的血液循環中，因此妊娠婦女在檢測時也會出現升高的情況，一般在產後3周後逐漸恢復正常水平。
新生兒肝炎和病毒性肝炎也會引起甲胎蛋白偏高，30%新生兒肝炎可測出甲胎蛋白，發生率隨病情的嚴重度而增加，大多明顯增高。
甲胎蛋白偏高還可能與生殖細胞腫瘤有關，有大約50%患有生殖細胞腫瘤的病人其甲胎蛋白（AFP）呈陽性。
