根據科學研究證明，鹼性磷酸酶高的主要原因主要有以下幾點：
1、某些藥物導致。
臨牀患者採用抗生素（紅黴素、慶大黴素、氯黴素、卡那黴素、氨苄青黴素等）進行治療時，會導致鹼性磷酸酶偏高，同時，用巴比妥類藥物治療時也會出現鹼性磷酸酶偏高。像這種藥物導致的鹼性磷酸酶偏高，一般是不需要進行特殊的治療，停藥後即恢復正常。
2、骨骼疾病。
由於骨組織中鹼性磷酸酶也很活躍，因此如果有骨骼疾病的患者會出現鹼性磷酸酶偏高。如：佝僂病、軟骨病、骨折癒合期、骨質疏鬆、骨惡性腫瘤、惡性腫瘤骨轉移等骨骼疾病的患者一般會出現鹼性磷酸酶偏高。
3、肝膽疾病。
由於肝臟細胞中鹼性磷酸酶最多，因此如果肝膽出現問題，鹼性磷酸酶偏高是必然的。臨牀如：阻塞性黃疸、病毒性肝炎、肝癌（原發性、繼發性）、肝硬化、膽汁淤積性肝炎等都可引起鹼性磷酸酶偏高。
4、懷孕期間。
臨牀孕婦也會出現鹼性磷酸酶偏高的現象，導致孕婦鹼性磷酸酶偏高的原因是孕婦的新陳代謝增強，導致肝臟不甚重負，從而使肝功能出現障礙，導致鹼性磷酸酶偏高。
5、其他不常見疾病。
其他一些不常見的疾病也可以導致鹼性磷酸酶偏高。如：白血病、甲狀腺機能亢進、腎小管性酸中毒、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、骨細胞瘤、骨肉瘤等可引起鹼性磷酸酶偏高。
