肛瘻在短期之內一般不會對患者的身體造成較大的影響，但若是長期存在的情況下，非常有可能引起併發症，並且引起併發症的機率要比其他肛腸疾病大的多，因此要有足夠的重視。下面就肛瘻的主要危害進行總結：
第一，久而久之可以使身體虛弱消瘦、精神不振、抗病能力下降，出現貧血，發作亦越加頻繁，形成互爲因果。
第二，由於多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。
第三：膿水污染內褲，劇烈活動後可促使膿汁外溢，局部經常受到刺激，皮膚磨擦、瘙癢，非常痛苦，影響工作和學習，久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振。
第四：肛瘻易波及其他器官。由於多次反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門的正常生理功能。
第五：肛瘻的多發性，可形成直腸陰道瘻、直腸尿道瘻和直腸膀膚瘻，危及周圍臟器。並且肛瘻有惡變傾向。
第六：降低抗病能力。身體自身免疫力下降，各種疾病會趁此間隙“蜂擁而至”。
肛瘻初期的症狀非常容易被患者忽視，但若是能初期初期能及時治療的情況下，基本上所有的患者都可以取得良好的治療效果，但若是後期的肛瘻，或者是反覆復發的肛瘻，建議以手術的方式進行治療。
