鼠疫的後遺症有很多，如感染性休克、器官組織腫大、呼吸衰竭等，還可能出現肺泡和肺間質炎症。爲了防止後遺症的出現，一定要發現以後就做治療工作。 敗血症鼠疫一般不會有遺症出現。若是肺鼠疫，易出現敗血症、感染性休克等後遺症。病情較嚴重者，可能導致呼吸衰竭，甚至引起死亡。還可出現器官組織腫大，充血，如肝脾或淋巴結腫大，出現肺部併發症，可做胸部x線檢查。 鼠疫治療很重要。一般用藥3-5天症狀可消失，治療10-20天症狀就可恢復。平時不要亂吃不熟悉肉類，以免感染鼠疫。
