沙眼後遺症會引起角膜、結膜及眼瞼板變化，若長期存在，引起角膜渾濁，影響視力下降，引起結膜萎縮。 沙眼後遺症有上瞼下垂，可能發生在感染早期，主要表現爲上瞼提舉無力，呈欲睡狀。早期主要因上瞼水腫和充血後重量增加、米勒氏肌受牽連等因素引起。晚期主要是瘢痕形成、米勒氏肌被破壞、失去收縮能力導致。 沙眼後遺症有瞼內翻倒睫，較常見，主要是局部形成疤痕及瞼板彎曲畸形引起，可刺激角膜導致眼部分泌物增多。嚴重者可出現角膜渾濁和變白、角膜潰瘍，伴不同程度視力下降現象。
