毛囊炎常見後遺症主要爲：永久性脫髮、瘢痕硬節、化膿性血栓性靜脈炎或腦膿腫。
1、永久性脫髮
毛囊炎好發於頭皮、胸部、背部等部位，尤其是以頭皮部毛囊炎更爲常見，頭皮毛囊炎炎症較淺，通過局部用藥可去除局部炎症症狀表現，可逐漸恢復，不會遺留後遺症；如果毛囊炎炎症反應較深，即便是通過系統性治療，毛囊根部受損已引發永久性脫髮。
2. 瘢痕硬節
毛囊炎發病於頸部，局部淋巴結組織較多，淋巴結組織再受到炎症刺激，有可能會產生病變，局部呈現乳頭狀增生，嚴重時可形成瘢痕硬節。
3、化膿性血栓性靜脈炎、腦膿腫
毛囊炎深度發展可形成毛囊周圍炎，患者常伴有淋巴結腫大、頭痛以及發熱等症狀。當位於鼻竇和口脣部位，毛囊周圍受到擠壓，病菌可通過血液進入顱內，引起化膿性血栓靜脈炎、腦膿腫。
