衣原體感染未得到及時治療，反覆感染，病情嚴重時會導致失明、不孕症發生。
1、失明
將近45%左右的沙眼症患者與衣原體嚴重感染有一定的關係，經常性出現衣原體會引起眼瞼內翻、倒睫毛、角膜血管翳、結膜炎等後遺症發生。結膜炎會對患者造成永久性的損傷，嚴重者會誘發失明。
2、不孕症
女性不孕症也與衣原體感染有一定的關係，衣原體感染未得到及時控制會引起女性患有子宮炎、輸卵管粘連、盆腔炎等婦科疾病，影響到精子與卵子正常的結合而誘發女性不孕症、異位妊娠。衣原體感染女性患有不孕症的機率要高正常女性32%左右。
