肛乳頭瘤早期沒有明顯臨牀症狀，有些患者會在排便時，出現肛門脫出、肛門墜脹表現；肛門反覆脫出時，還會有肛門瘙癢、大便排不盡感覺。
1、肛門脫出
有些患者會在排便時，出現瘤體從肛門脫出表現，不過排便結束後，脫出會自行回納。當病情嚴重反覆脫出時，可能引起嵌頓、化膿性感染。
2、肛門墜脹
有些患者在出現肛門脫出症狀時，還會伴隨肛門墜脹感，但用手按壓沒有疼痛感。
3、肛門瘙癢
如果肛乳頭瘤反覆脫出，會導致肛門分泌物增多，肛周長時間處在潮溼環境中，會引起肛周溼疹，伴隨肛周瘙癢症狀，瘙癢感常會在晚上加重，影響正常睡眠。
4、大便排不盡
肛乳頭瘤會堵塞肛門，會影響大便排出，有些患者在排便時總有一種排不盡感覺。
