治療重症肌無力時首選胸腺切除，術後依據病情給予免疫治療若患者不願手術或存在手術禁忌證，可給予大劑量激素衝擊治療並用免疫抑制劑，若不能應用激素可選用免疫抑制劑；若不能耐受免疫抑制劑，可選用血漿交換或大劑量免疫球蛋白治療。
針對病因的治療包括：1.胸腺切除：大部分MG伴有胸腺增生的患者胸腺切除術後臨牀症狀改善，少部分術後需要免疫治療。胸腺瘤患者摘除胸腺主要是針對腫瘤，可能對肌無力改善不明顯。特別注意，胸腺摘除後部分患者會出現肌無力加重。2.腎上腺皮質類固醇：多采用大劑量甲強龍衝擊治療，逐漸減量，爲使激素描藥順利．可同時加用免疫抑制劑。特別強調，部分患者在激素應用早期會出現肌無力加重，甚至出現肌無力危象。此外，應注意激素應用的禁忌證及副作用，並同時補鉀、補鈣及抑酸。3.免疫抑制劑：常用的有硫唑嘌呤、環孢素等，應用時應注意監測血象、肝腎功能。4.血漿置換：主要用於肌無力危象或作爲胸腺摘除術圍手術期用藥持續時間短。需要補充新鮮血漿，操作過程繁雜，易出現併發症。5.免疫球蛋白：療效與血漿交換相似，但使用方便。缺點是費用較高。
