殺幽門螺桿菌並無最好的中藥，中醫講究整體觀念和辨證論治，只要能夠正確進行辨證，選擇合適的中藥，是可以治療幽門螺旋桿菌的。臨牀中現在常用的就有蒲公英、砂仁、菊花、茯苓等，對幽門螺旋桿菌都是有一定功效的。
人體感染幽門螺旋桿菌引起的消化性潰瘍、慢性胃炎等胃腸道疾病在治療時大致的分型有：胃腸溼熱型、胃陰虛型、肝胃不和型、脾胃虛弱型。常用方劑有，瀉心湯、柴胡疏肝散、連樸飲、補中益氣湯、疏肝理胃湯等。
現代實驗研究表明，中醫複方湯劑在治療幽門螺旋桿菌引起的胃腸道感染時，療效與西醫三聯抗菌法差異不大。中醫對幽門螺旋桿菌的治療關鍵在於使其致病力不斷下降，減輕和削弱其毒力。
中藥複方抗幽門螺旋桿菌主要有三大特點，一是能直接抑制幽門螺旋桿菌，二是能提高遠期療效減少復發，三是削弱幽門螺旋桿菌毒性。應用中醫中藥治療，可有效避免西藥治療帶來的不良反應，例如胃腸道反應，只要調理得當，對症下藥，能夠達到很好的治療效果。
