馬方綜合徵治療根據實際病症而定。合併有先天性心血管病變必須要進行手術；合併心功能不全、心律失常則適宜內科治療。
1、先天性心血管病變
馬方綜合徵合併主動脈瘤、心臟瓣膜不全等先天性心血管病，情況較爲嚴重，必須在早期進行手術修復，藥物治療並不奏效。未及時進行手術，動脈瘤破裂有出血性傾向，而心臟瓣膜關閉不全者或誘發心衰，影響患者生存期。及時手術治療，成功率可達到80%以上，因此越早治療手術效果越好。
2、心功能不全、心律失常
馬方綜合徵若合併有心功能不全、心律失常等併發性症狀不適宜進行手術治療，以內科治療爲主。通過內科治療可以緩解心律失常性症狀，促進心功能正常。
