HPV假陽性可能是醫生誤診，也可能是感染者的錯誤認識。
HPV檢查的準確性比較高，一般很少會出現假陽性。認爲出現假陽性，首先可能是選擇不正規的醫院進行HPV檢查，檢查的設備陳舊，或操作者在操作過程中失誤，可能誤檢導致假陽性。如對檢查結果存疑時，可去正規醫院再次檢查。
其次可能是自身免疫系統清除HPV導致的，第一次做HPV檢測時呈陽性，未治療間隔一段時間再去複查，會發現HPV呈陰性，這是免疫系統自行清除了HPV，誤認爲HPV是假陽性。
另外，有些人認爲HPV是經過性生活傳染，自己沒有不潔性生活，性伴侶的HPV爲陰性，自己不會感染HPV。當檢測中發現HPV爲陽性時，覺得是檢查失誤，出現了假陽性。其實HPV除了經過性生活傳播外，還可能會因接觸HPV感染者的內衣、毛巾、浴巾等生活用品，或與HPV感染者共用公共場所的馬桶、浴池、游泳池、游泳池座椅等，導致間接接觸傳染。
