長期使用熱水袋可能會導致皮炎或燙傷，若是電熱水袋，還有爆炸的危險。
熱水袋使用時間如果過長，易誘發皮炎。這是因爲長時間使用熱水袋會加快皮膚中水分的流失，從而使皮膚變得乾燥、瘙癢，導致皮膚過敏、誘發皮炎。尤其是老年人或者乾性皮膚者，因此，使用電熱水袋時也要注意補充水分。
熱水袋如果使用不當，易造成低溫燙傷。皮膚長時間與低溫熱源接觸，會逐漸發展爲真皮深層及皮下各層組織燙傷。低溫燙傷創面疼痛感不十分明顯，僅在皮膚上出現紅腫、水泡、脫皮或者發白的現象，面積也不大。但嚴重者會造成深部組織壞死，如果處理不當，可能會發生潰爛，長時間都無法癒合。可在使用電熱水袋時，適當控制溫度，或在熱水袋外面包裹一層毛巾，不直接接觸使用者的皮膚。
電熱水袋存在一定的爆炸隱患，尤其是電極式熱水袋，因此應使用電熱絲式電熱水袋，並且在選擇有信譽、大型的商家。
