子宮性閉經的原因在子宮，先天性無子宮或子宮發育不良，子宮內膜損壞或子宮切除的病例，即使卵巢功能健全，性激素分泌正常，也無月經來潮。子宮性閉經的鑑別診斷如下：
卵巢性閉經
沒有卵子的發育，也就沒有月經，此類閉經稱爲卵巢性閉經。其原因可因先天卵巢發育不全而無卵子，或因後天多種原因卵子耗竭而閉經。前者爲原發性卵巢性閉經;而後者爲繼發性卵巢性閉經，亦稱爲卵巢早衰。
下丘腦-垂體性閉經
正常月經是由中樞神經系統、下丘腦-垂體前葉和卵巢功能之間相互調節而控制的。任何因素直接或間接影響下丘腦-垂體功能，導致下丘腦分泌促性腺釋放激素，以及垂體前葉分泌促性腺激素的功能低下或紊亂，導致閉經即爲下丘腦-垂體性閉經，包括以下3種類型：
1.先天性無子宮或子宮發育不良：屬原發性閉經，有正常的卵巢功能，患者的外生殖器和第二性徵發育良好，細胞遺傳學檢查性染色質爲陽性、核型爲46XX。
2.子宮內膜損壞或子宮切除：如子宮內膜因受放射治療破壞、刮宮過深或吸宮負壓過高、嚴重感染、哺乳時間過長可使子宮內膜過度萎縮，導致閉經。
3.子宮內膜反應不良：子宮內膜對卵巢激素分泌的性激素不起反應，無週期性改變，故無月經。
