灰指甲的治療根據病情程度的不同，可分別選用以外治和內治爲主的不同方法治療。
輕度
對於表淺的、較輕的、單發的灰指甲，可先用小刀儘量颳去病甲，再外擦抗真菌藥，如30﹪的冰醋酸、咪唑類、丙烯胺類等霜劑或溶液。每日1~2次，堅持3個月左右，大多可達到滿意的治療效果。拔甲術可治好部分甲病，但痛苦大，易復發。局部用50﹪的碘化鉀或40﹪尿素軟膏後包裹常常效果更好，且不會造成損傷。近年來用8﹪環吡酮或5﹪阿莫羅芬甲塗劑，在甲表面形成一層非水溶性高粘附性的藥膜，有較強的抗真菌作用。
重度
嚴重的灰指甲常需內服抗真菌藥物。灰黃黴素對由皮膚癬菌引起的灰指甲有效，但對由酵母菌或其他黴菌引起者效果不大。酮康唑對灰指甲很有效，但因其有肝毒性，臨牀應用範圍受到了一定的限制。此外常用內服的抗真菌藥還有伊曲康唑、特比萘芬和氟康唑等，效果都比較明顯。內服藥物治療灰指甲的基本原理是藥物通過血液到達甲根部及甲牀後彌散入甲板，抑制甲組織中的真菌，隨着新甲的生長將病變甲向前推移，最終代替病甲。因此內服藥物的療程取決於藥物在甲組織中的含量、持續時間以及甲的生長速度。
