灰指甲因藥物不易進入甲板且甲生長緩慢，故治療較爲閒難，其關鍵在堅持用藥。
1.外用藥物治療
常用表淺和未累及甲根的損害。先用小刀或指甲銼儘量去除病甲，再塗30%冰醋酸溶液或3%～5%碘酊，每天2次，療程3～6個月，直至新甲生成爲止：亦可採用40%尿素軟膏封包使病甲軟化剝離，再外用抗真菌製劑：8%環吡酮、5%阿莫洛芬塗劑可在指甲表面形成藥膜，利於藥物穿透甲板。
去除甲板方法：
①一般可用30～40%尿素硬膏貼在病處，每4~5日更換1次，病甲逐漸軟化，甲板與甲牀分離，易於拔除，如不成功，重複治療。
②用水楊酸乳痠軟膏代替尿素硬膏，包紮甲板。用橡皮硬膏保護甲周正常皮膚，1~2 周後甲板即叮軟化，易於拔除。
③局麻下手術拔甲，必要時採用凡士林紗布包紮傷口，1周後先塗3%水楊痠軟膏，逐漸增高濃度，以後用複方苯甲痠軟膏和碘酊交替外搽，直至新甲長出爲止。去甲後口服灰黃黴素或酮康唑(每日200毫克)3～4周，可提品打效。手術拔甲痛苦及損傷大，目前較少採用。
2.內用藥物治療
可用伊曲康唑間歇衝擊療法(400rng/d，分2次口服，每月服藥1周爲1個療程)，指甲受累需2-3個療程，趾甲受累需3～4個療程：也可用特比萘芬250mg/d口服，指甲受累療程4周，趾甲受累療程6周。與外用藥物聯用可提高療效。
