臨牀上大體將癲癇的病因分爲特發性、症狀性和隱源性類。特發性癲癇除可能與遺傳因素有關外，沒有其他可尋的病因；症狀性癲癇具有已知或可疑的中樞神經系統病變；隱源性癲癇推測爲症狀性，但以目前的認識水平尚未發現病因。
癲癇發病的遺傳因素指對癲癇的遺傳易感性。大量研究證明，癲癇和遺傳因素有關。遺傳可以影響細胞膜離子通道的功能，降低驚厥閾值，引起神經元放電。雙胎癲癇符合率的研究及家系腦電圖的研究都提示癲癇性素質爲常染色體顯性遺傳，且在5～15歲之間外顯率最高。已證實或推測與遺傳因素有密切關係的癲癇綜合徵包括兒童及少年失神性癲癇、少年肌陣攣性癲癇、兒童良性癲癇伴中央顳區棘波、常染色體顯性遺傳夜間額葉癲癇等特發性全身或局部性癲癇，其中有些綜合徵的基因已定位。在很多情況下，特發性和遺傳性癲癇作爲同義語來使用。但在某些情況下兩者並不相同，如症狀性癲癇中有許多遺傳性疾病，例如結節性硬化、神經纖維瘤病等，癲癇只是這些遺傳性疾病造成的腦損傷引起的症狀。換句話說，此時遺傳的是這些疾病本身而不是癲癇。
