消毒櫃溫控器能控制消毒櫃內部溫度，控制方法一般分爲兩種，一種是由被冷卻對象的溫度變化來進行控制，多采用蒸氣壓力式溫度控制器，另一種由被冷卻對象的溫差變化來進行控制，多采用電子式溫度控制器。此外，溫控器還可按以下方法進行分類：
機械式分爲：蒸氣壓力式溫控器、液體膨脹式溫控器、氣體吸附式溫控器、金屬膨脹式溫控器。
其中蒸氣壓力式溫控器又分爲：充氣型、液氣混合型和充液型。家用消毒櫃並非以這類溫控器爲主。
電子式分爲：電阻式溫控器和熱電偶式溫控器。家用消毒櫃主要以這類溫控器爲主。
