新生兒病理性黃疸與生理性黃疸不同，根據其特點可以相互鑑別。新生兒病理性黃疸是由許多原因組成的一組疾病，常見的幾種黃疸原因有:
新生兒溶血:
由於寶寶和媽媽的血型不合，比如媽媽是O型血，寶寶是A型或B型血，媽媽在懷孕過程中產生的血型抗體可通過胎盤引起寶寶血液中紅細胞大量破壞而引起黃疸。一般以ABO血型不合較多見，Rh血型不合較少見，但更兇險。
感染性因素:
感染性黃疸是由於病毒感染或細菌感染等原因，致使寶寶肝細胞功能受損害，處理膽紅素能力下降，引起血液中膽紅素水平上升而發生的黃疸。病毒感染多爲宮內感染，以鉅細胞病毒和乙型肝炎病毒感染最常見，其他感染有風疹病毒、EB病毒、弓形體等較爲少見。黃疸的特點是生理性黃疸後持續不退或生理性黃疸消退後又再次出現持續性黃疸。
圍產期相關的因素:
一些寶寶出生前以及出生後存在的高危因素也能引起血液中膽紅素水平明顯升高，比如媽媽在懷孕期間有糖尿病和高血壓，或在分娩過程中使用過催產素;寶寶在出生時有窒息搶救史、或經產道擠壓有頭顱血腫;寶寶在出生後奶量攝入不足，或胎糞排出延遲等等。
母乳性黃疸:
目前病因尚不完全明瞭，推測可能與母乳中含有的一種酶有關，它能分解結合膽紅素，引起血液中膽紅素升高。早期臨牀表現與生理性黃疸相似，晚期血液中膽紅素值逐漸上升超過正常範圍，但寶寶一般情況較好，只需停母乳觀察3-5天，黃疸便會逐漸減輕，預後良好。
G6p-D缺乏症:
醫學上俗稱"蠶豆病"。顧名思義，是由於寶寶體內缺少一種叫做G6D-p的酶，它會影響膽紅素的代謝，從而引起寶寶血液中膽紅素升高，多見於兩廣地區，屬於一種遺傳性疾病。患此類疾病的寶寶多在生後2周內出現黃疸，目前尚無根治方法，以預防爲主。
先天性膽道閉鎖:
由於膽汁排泄障礙，寶寶血液中的膽紅素不斷升高，表現爲寶寶出生後最初的一段時間內跟其他正常寶寶一樣，但在生後3-4周出現皮膚偏黃，日漸加深至黃綠色，甚至出現精神煩躁不安、易哭吵，大便顏色逐漸轉淡或外黃內白。
