生理性黃疸主要與新生兒膽紅素代謝特點有關，包括一下幾種原因：
第一、膽紅素生成相對較多。新生兒每日生成膽紅素爲8.8mg/kg，幾乎是成年人的2倍多。這是因爲紅細胞數相對較多且出生後血氧含量驟然升高，導致過多的紅細胞即被破壞，同時加上紅細胞壽命比成人的短，血紅蛋白分解速度比成人快，都會造成膽紅素生成較成年人多
第二、肝功能發育不成熟，因此肝細胞內攝取膽紅素必需的Y、Z蛋白含量低功能差，這需要出生後5～15天才達成人水平。同時，因爲肝臟發育不成熟，尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基轉移酶(UDPGT)的量及活力不足，導致膽紅素不能有效地合成結合膽紅素。另外還有因爲肝臟發育較晚，造成排泄結合膽紅素功能較差，也會導致易致膽汁淤積。
第三、腸-肝循環特點：新生嬰兒由於剛出生，其腸道內正常菌羣尚未建立完善，因此不能將進入腸道的膽紅素轉化爲尿膽原。
綜上所述，生理性黃疸與初生嬰兒自身發育未完善導致膽紅素分泌排泄異於成年人，因此幾乎60%足月兒和大約80%早產兒在生後第1周都會出現肉眼可見的黃疸。
