由於完全水解蛋白的蛋白質分子量很小，免疫系統不會對它產生有效的免疫應答。部分水解蛋白分子量雖然比普通牛奶小很多，但依然保留了部分具有免疫活性的肽段，因而可以溫和地訓練免疫系統。
如果把蛋白質徹底分解爲氨基酸分子，就成爲以氨基酸分子爲基礎的脫敏營養奶粉，主要用於治療嬰幼兒過敏，不適合長期食用。
臨牀上，嚴重過敏的嬰幼兒，需要吃一段時間的完全水解蛋白配方奶粉，而隨着年齡增長帶來的消化、免疫、皮膚保護層的不斷髮育完善，就可以逐漸改爲部分水解蛋白配方奶粉。
家長們在購買深度水解奶粉的時候一定要到大商場或者是母嬰店，並在購買的時候看清楚奶粉的罐身是否標有深度水解奶粉幾個字，各種參數有沒有寫清楚，避免買到假冒僞劣的產品。特別注意的是一旦發現寶寶過敏，最好是儘快去醫院諮詢一下。
