1、非特異性慢性骨盤炎多有分娩、流產、急性骨盤炎病史，月經量一般多閉經極少見的生殖器結核多爲不孕、月經量減少甚至閉經，骨盤檢查時可接觸結節。
2、慢性輸卵管炎的臨牀表現爲月經異常、下腹隱痛、腰骶痛、不育等，應與結核性輸卵管炎鑑別。慢性輸卵管炎多有分娩、流產後急性盆腔炎史、月經量較多，而表現爲閉經者較爲少見，沒有其他結核性輸卵管炎典型檢查所見，子宮內膜活檢無結核病竈。
3、子宮內膜異位症有繼發性進行性痛經，經量較多。腹腔鏡檢查多能確診。
4、卵巢腫瘤附件包塊表面有結節感或乳頭狀突起，應與卵巢癌進行鑑別。可通過腹腔鏡檢查或剖腹檢查確診。
5、輸卵管癌和輸卵管結核腫塊在婦科檢查中陰道排出黃色或血性液體，數量多時，應考慮輸卵管癌。剖腹探查時將標本送病理檢查可明確診斷。
6、輸卵管妊娠臨牀上表現爲停經、腹痛等易與輸卵管結核相混淆。一旦輸卵管妊娠破裂或流產時，即有內出血症狀。做血尿妊娠試驗b型超聲檢查、診斷性刮宮有助於明確診斷。
