俗話說，“是藥三分毒”，那麼，紫河車粉有沒有副作用呢？答案是肯定的，服用紫河車粉時，一定要注意紫河車粉的副作用，不可胡亂服用。
由於在孕婦分娩的過程中，胎盤不可避免地會受到一定程度上的細菌感染，因此必須經過嚴格的消毒後，纔可以有效地殺死病原微生物。
另外，消化系統有潰瘍或其他傷口的人在食用紫河車粉時必須謹慎，因爲胎盤中含有血液，可能會攜帶來自孕婦體內的病原體，容易感染。
此外，不要過分迷信紫河車粉的滋補和營養價值。人類胎盤中含有的營養成分同一些動物胎盤的成分大同小異。而且，儘管胎盤含有豐富的免疫球蛋白，但人服食後並不能直接消化吸收和利用，而是被消化分解爲並不具有抗病免疫功效的氨基酸，不能直接增強人體免疫力。
