一次性購買太多的羅漢果，隨之而來的就是保存的問題。
新鮮的羅漢果採摘後只能保存20多天，因此需要經過烤乾後才能更方便存儲運輸，因此市面上出售的羅漢果都經過烘烤後再被沖泡飲用。烤焦的果子不僅是外表的不美觀，而且其營養會被破壞，出現焦化物質。羅漢果烘烤乾燥之後，含水量非常低，這樣有利於羅漢果的長時間保存。由於烘烤技術的不同，羅漢果會因被烤焦而有質量的差異，有時火候難以控制，以致於一些果子會被烤焦。但是羅漢果保存並不是隨意放置就可以了，最好是密封包裝起來，這樣子可以大大減輕羅漢果回潮的現象。如果羅漢果吸收水分而回潮，品質就會下降，甚至是發黴變質。因此羅漢果要長期保存，防潮的問題是一定要注意的。
變質的羅漢果是不能食用的，因此大家要學會辨別羅漢果的好壞。
正常的羅漢果體橢圓，色金黃或黃褐色沒有破損，搖之沒有響聲。比較新鮮的羅漢果表面毛比較多，裏面是白色的。舊的因爲經常摩擦，果體比較光滑，而且裏面是黑色或褐色的。因烤焦而使表面顏色偏暗的果子並不一定是成熟的羅漢果。有時變壞的羅漢果顏色發黑，還伴有難聞的氣味，裏面的果肉一般會有受潮現象。挑選羅漢果除了觀察其外觀顏色外，建議掰開查看果心是否受潮、發黑等情況，這樣才能避免選到帶苦澀味或者快要變質的羅漢果。
