陰莖根部長小疙瘩若是毛囊感染所致，可使用外用藥物治療；如果是尖銳溼疣引起，則需要採取藥物治療結合物理治療進行疣體去除。
1.外用藥物
毛囊感染導致陰莖根部長小疙瘩，可通過外用抗感染藥物進行消除。使用碘伏進行局部消毒，之後可塗抹一些消炎藥膏，例如莫匹羅星軟膏、紅黴素軟膏等。真菌感染者，可配合口服阿莫西林，通常一週左右，疙瘩就會慢慢消除。
2.藥物治療結合物理治療
尖銳溼疣引起的小疙瘩，則需要到醫院採取相應措施進行消除。疣體特別小的情況下，可優先選擇藥物治療，可局部塗抹干擾素凝膠，同時口服胸腺肽膠囊或轉移因子口服液，以提升抵抗力預防復發。如果疣體較多、稍大，則考慮使用激光、微波手段進行消除，同時局部配合使用阿昔洛韋軟膏，3-4周即可完全消除。
